简单来说，员工违纪扣工资合法的额度是每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定旨在平衡用人单位维护自身合法权益和保障劳动者获得合理劳动报酬的权益。用人单位有权要求违纪员工赔偿经济损失，但不能无限制地扣除工资，以免影响劳动者的基本生活。同时，当扣除工资后剩余工资低于当地最低工资标准时，按最低工资标准支付，确保劳动者能维持基本生活水平。
举例说明：
小李在一家工厂工作，月工资为5000元。由于他在工作中操作失误，给工厂造成了一定的经济损失。工厂根据劳动合同的约定，决定从他的工资中扣除相应的赔偿费用。按照法律规定，每月最多能扣除的金额为5000×20% = 1000元。如果扣除1000元后，小李当月实际拿到手的工资还有4000元，高于当地月最低工资标准，那么这种扣除就是合法的。但如果当地月最低工资标准是3000元，而工厂扣除了2000元，使得小李剩余工资为3000元，这种扣除就是不合法的，工厂应按照最低工资标准3000元支付小李工资。
法律解析：
从专业角度看，《工资支付暂行规定》的这一条款体现了法律对劳动关系双方权益的平衡保护。一方面，用人单位在劳动者因本人原因造成经济损失时，有权通过扣除工资的方式获得赔偿，这是对用人单位财产权益的保护，有利于维护用人单位的正常生产经营秩序。另一方面，对扣除比例和最低工资标准的限制，是对劳动者劳动报酬权和生存权的保障。劳动报酬是劳动者付出劳动后应得的回报，保障劳动者获得合理的工资收入是劳动法的基本精神。限制扣除比例和规定最低工资标准，避免了用人单位滥用扣除工资的权利，防止劳动者因一次失误而陷入生活困境。
注意事项：
1. 用人单位扣除工资必须有合法依据，即因劳动者本人原因给用人单位造成了经济损失，且要在劳动合同中有相关约定。
2. 扣除工资的比例要严格控制在当月工资的20%以内。
3. 扣除工资后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
4. 用人单位应及时告知劳动者扣除工资的原因和金额，保障劳动者的知情权。
5. 劳动者若认为用人单位扣除工资不合法，有权通过合法途径维护自己的权益，如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结来说，员工违纪扣工资在符合法律规定的情况下是合法的，但用人单位和劳动者都应清楚法律的相关规定。用人单位要依法依规扣除工资，保障劳动者的合法权益；劳动者也要了解自己的权利，遇到问题及时采取措施维护自身利益。以上内容仅供参考，法律咨询具有特殊性，如遇到法律问题建议本站免费在线问律师，获取专业律师的解答。
