劳动合同的补充协议在符合一定条件下是合法的。只要补充协议是双方真实意思表示，内容不违反法律法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫等情形，通常就是合法有效的。
从专业角度来说，劳动合同补充协议是对原劳动合同的补充或变更。根据《中华人民共和国劳动合同法》规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。补充协议就属于对劳动合同进行书面变更的一种形式。它可以在原劳动合同基础上，对工作内容、工作地点、劳动报酬、工作时间等方面进行进一步的细化、调整或补充。只要补充协议的订立过程遵循平等自愿、协商一致的原则，并且不违反法律、行政法规的强制性规定，它就具有与原劳动合同同等的法律效力。
补充协议也需要注意合法性和合理性。如果补充协议的内容侵犯了劳动者的合法权益，例如不合理地降低工资、延长工作时间却不支付相应报酬等，即使双方签订了协议，这样的条款也可能被认定为无效。
举例说明：
小王与某公司签订了一份劳动合同，约定月工资为5000元。后来公司因为业务拓展，需要小王到外地的分公司工作一段时间。公司与小王协商后，签订了一份补充协议，在补充协议中明确小王到外地工作期间，每月工资增加1000元，并且给予一定的出差补贴。同时，对工作时间和休息休假也进行了相应的调整。这份补充协议就是双方协商一致的结果，并且内容不违反法律法规，那么它就是合法有效的。如果小王按照补充协议到外地工作，公司就应当按照补充协议的约定支付工资和补贴。
法律解析：
从法律层面来看，《民法典》中关于合同的规定同样适用于劳动合同补充协议。合同的订立需要双方当事人意思表示真实、内容合法。在劳动合同补充协议中，用人单位和劳动者都应当遵循诚实信用原则。如果用人单位利用自身优势地位，迫使劳动者签订显失公平的补充协议，劳动者有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。《劳动合同法》也明确规定了用人单位应当保障劳动者的合法权益，补充协议不能成为用人单位侵犯劳动者权益的工具。
注意事项：
1. 签订补充协议必须是双方自愿协商的结果，任何一方不得强迫另一方签订。
2. 补充协议的内容应当明确、具体，避免模糊不清的表述，以免日后产生纠纷。
3. 补充协议的内容不能违反法律法规的强制性规定，否则相关条款无效。
4. 签订补充协议后，双方都应当妥善保管，以备不时之需。
5. 如果对补充协议的内容存在疑问，建议咨询专业律师的意见。
综上所述，劳动合同的补充协议在符合法律规定和双方真实意愿的情况下是合法的。它可以对原劳动合同进行有益的补充和完善，使双方的权利义务更加明确。但在签订和履行补充协议过程中，双方都应当严格遵守法律法规，保障自身和对方的合法权益。以上内容仅供参考，法律咨询具有特殊性，如遇到法律问题建议本站免费在线问律师，获取专业律师的解答。
