处理无效劳动合同的方式主要有撤销合同、修改合同和赔偿损失三种。
1. 撤销合同：适用于被确认全部无效的劳动合同。全部无效的劳动合同是国家不予以承认和保护的，应通过撤销合同来消灭依据该合同而产生的劳动关系，即劳动合同整体被确认无效。如合同双方主体不具备主体资格、合同内容违反法律法规强制性规定等情况。合同撤销后，双方的劳动关系应视为自始不存在。
2. 修改合同：适用于被确认部分无效的劳动合同及程序不合法而无效的劳动合同。对于部分无效的劳动合同，因其部分条款无效并不影响其他条款的效力，只需对无效的部分条款进行修改，使合同符合法律规定的要求，合同仍然可以继续履行。比如劳动合同中关于工作时间的条款违反了法律规定的上限，只需对该工作时间条款进行修改即可。
3. 赔偿损失：劳动合同被确认无效，给对方造成损害的，有过错的一方应当承担赔偿责任。这里的赔偿责任主要是基于对无过错方的权益保护，弥补其因合同无效而遭受的损失。
举例说明：
小李应聘到一家公司工作，签订劳动合同时，公司在合同中约定每天工作 12 小时，且没有加班费，也不允许员工请假。小李工作一段时间后，发现这样的工作安排严重影响了自己的生活，且违反了法律规定。经劳动仲裁机构确认，该劳动合同中关于工作时间和加班费的条款无效。对于这种情况，由于只是部分条款无效，公司可以修改合同，将工作时间调整到法律规定的合理范围内，并按照法律规定支付加班费。如果因为之前不合理的工作安排导致小李身体出现问题，产生了医疗费用等损失，公司作为有过错的一方，应当赔偿小李的这些损失。
法律解析：
《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条规定了劳动合同无效或者部分无效的情形，包括以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；违反法律、行政法规强制性规定的。同时，该法第八十六条规定，劳动合同依照本法第二十六条规定被确认无效，给对方造成损害的，有过错的一方应当承担赔偿责任。这些法律规定明确了无效劳动合同的认定标准和处理方式，为劳动者和用人单位在处理无效劳动合同问题上提供了法律依据。
注意事项：
1. 劳动者和用人单位在签订劳动合同时，应当仔细审查合同条款，确保合同内容符合法律法规的规定，避免因合同无效给自己带来不必要的麻烦。
2. 当发现劳动合同可能无效时，应及时通过合法途径，如向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等，来确认合同的效力，维护自己的合法权益。
3. 对于因合同无效产生的赔偿问题，受损方应注意收集相关证据，如工资条、医疗费用清单等，以便在主张赔偿时能够提供充分的证据支持。
4. 用人单位在修改合同或承担赔偿责任时，应积极主动，避免因拖延导致问题进一步恶化，引发更多的法律纠纷。
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