要合法地以旷工为由辞退员工，需有明确的旷工认定标准和合法的辞退程序。
从专业角度来看，首先企业要有完善的规章制度。该规章制度需明确规定旷工的定义、旷工达到何种程度属于严重违反公司规定。比如，规定员工未经批准擅自离岗连续达到一定天数（如3天）或者在一定周期内累计旷工达到一定天数（如一个月内累计5天）就属于严重违纪。并且该规章制度的制定要符合法律规定的民主程序，即要经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。之后还要向劳动者公示，例如通过公司内部的公告栏张贴、员工手册发放等方式让员工知晓。
当员工出现旷工行为时，企业要及时进行调查核实，保留好相关证据，如考勤记录、监控视频、与员工的沟通记录等。在确定员工旷工事实后，要按照公司规章制度规定的程序处理，先向员工发出书面的警告或者通知，要求其说明旷工原因并限期改正。如果员工依然不改正，达到了公司规定的辞退条件，企业就可以向员工发出解除劳动合同的书面通知，并且要在通知中明确辞退的原因是旷工以及依据的公司规章制度条款。同时，企业还要按照法律规定为员工办理离职手续，如出具解除劳动合同证明、办理档案和社会保险关系转移手续等。
举例说明：
小李是一家公司的员工，公司的规章制度明确规定连续旷工3天属于严重违反公司规定，且该制度已向员工公示。有一次，小李未向公司请假就连续5天没来上班。公司发现后，先通过邮件向小李发出了书面通知，要求他在2天内说明旷工原因并返回公司上班。小李收到通知后没有回复也没有来上班。于是公司又向他发出了解除劳动合同的书面通知，明确告知他因为连续旷工5天，违反了公司的规章制度，公司决定与其解除劳动合同。同时，公司按照法律规定为小李办理了离职手续，包括出具解除劳动合同证明等。这样公司以旷工为由辞退小李就是合法的。
法律解析：
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。这为企业以旷工为由辞退员工提供了法律依据。但是企业在适用该条款时要注意规章制度的合法性和证据的充分性。如果企业的规章制度不合法或者没有充分证据证明员工旷工，那么企业的辞退行为就可能被认定为违法解除劳动合同，企业需要向员工支付赔偿金。
注意事项：
1. 规章制度的制定一定要符合民主程序和公示程序，否则可能被认定为无效。
2. 要及时、全面地收集和保留员工旷工的证据，证据要真实、有效、完整。
3. 处理员工旷工要按照公司规章制度规定的程序进行，不能随意跳过某个环节。
4. 向员工发出的通知等书面文件要确保能够送达员工，可以通过多种方式送达，如邮寄、电子邮件、直接送达等，并保留好送达的凭证。
5. 办理离职手续时要严格按照法律规定执行，避免因手续不全引发后续纠纷。
以上内容仅供参考，法律咨询具有特殊性，如遇到法律问题建议向专业律师咨询，获取专业律师的解答。
