可以单独签订保密协议。用人单位与劳动者可以在劳动合同之外，单独就保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项签订保密协议。
从专业角度来看，保密协议是一种具有法律效力的合同文件，其目的在于保护一方或多方的商业秘密、敏感信息等不被泄露。根据《中华人民共和国劳动合同法》规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。这表明保密协议具有独立存在的合法性基础。单独签订保密协议，能够更加明确双方在保密方面的权利和义务，对保密的范围、期限、违约责任等内容进行详细的规定，相较于在劳动合同中简单提及，更具有针对性和可操作性。对于企业而言，单独签订保密协议可以更好地保护自身的商业秘密和核心竞争力；对于员工来说，也能清楚知晓自己在保密方面的责任和义务。
举例说明：
小张是一家科技公司的软件工程师，掌握着公司一款新型软件的核心代码。公司为了保护该软件的技术秘密，与小张单独签订了保密协议。协议中明确规定，小张在在职期间及离职后的两年内，不得向任何第三方泄露该软件的代码及相关技术信息。如果小张违反协议，将需向公司支付高额的违约金。在这种情况下，即使小张的劳动合同到期终止，保密协议依然有效，小张仍需遵守保密义务。
法律解析：
根据《民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。保密协议作为一种合同，只要是双方真实意思的表示，内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，就具有法律效力。在保密协议中，双方约定的保密事项通常属于商业秘密或与知识产权相关的信息，受到《反不正当竞争法》《著作权法》等法律法规的保护。如果一方违反保密协议，给对方造成损失的，应当承担违约责任，赔偿对方的损失。
注意事项：
1. 保密协议的内容应当合法合理，不能限制员工的合法权益。例如，保密期限不能过长，一般应根据商业秘密的性质和价值来合理确定。
2. 明确保密的范围，要具体、清晰地界定哪些信息属于保密信息，避免模糊不清导致争议。
3. 约定合理的违约责任，违约责任的承担方式和金额应当与可能造成的损失相匹配，过高或过低的违约金都可能在司法实践中被调整。
4. 对于涉及国家秘密的信息，应当按照国家有关保密法规的规定进行处理，不能仅仅依靠保密协议。
5. 签订保密协议时，应当确保双方具有相应的民事行为能力，并且是自愿签订的，不存在欺诈、胁迫等情形。
以上内容仅供参考，法律咨询具有特殊性，如遇到法律问题建议通过正规途径咨询专业律师，获取专业律师的解答。
